不幸的是，流感疫苗并不能保证万无一失。其有效性取决于宝宝的健康情况以及疫苗与正在传播病毒是否一致。某些年份里，开发的疫苗与病毒的匹配程度比其他年份高。流感疫苗对健康的儿童更有效，可以达到44%～91%，但这个比例每年都在变化。如果宝宝接种疫苗后，仍然感染了流感，那么很可能也是比较轻微的。当然，疫苗注射并不能防止类似流感的其他病毒侵袭。
也有人对婴儿和儿童接种流感疫苗感到担忧，因为某些疫苗针剂以硫柳汞作防腐剂，其中含有汞。根据美国疾病预防控制中心的报告认为，没有证据表明硫柳汞有害，而且流感疫苗的好处大于任何潜在的危险。中国国内应用的流感疫苗有进口和国产的，但目前大多应用的是进口疫苗（或进口原料国内分装的），而且大多含有硫柳汞。也有不含硫柳汞的制剂，但费用较高些，你可以自行选择。如果你对硫柳汞有担心，那么咨询一下医生，看他是否能帮你联系到不含硫柳汞的疫苗。
接种流感疫苗的副作用可能会持续一两天，主要表现是接种注射部位发酸、发低烧和疼痛。严重过敏反应很少出现，但也不能完全排除这种可能。
在某些流感高发的季节，确实会出现流感疫苗短缺。中华人民共和国卫生部提出，在流感大流行期间，优先考虑为老人、儿童等高危人群接种疫苗。你最好能在每个流感高发季节到来之前，及时联系当地医疗卫生部门（地段保健），了解疫苗的供应情况。
