无病原体。

脑脊液中常见的病原微生物有金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、肺炎链球菌、产单李斯特菌、脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌、新型隐球菌、白色念珠菌等。脑脊液直接显微镜检查对新型隐球菌脑膜炎、流行性脑脊髓膜炎（简称流脑）具有临床意义；墨汁涂片见有新型隐球菌，可提示为新型隐球菌性脑膜炎；脑脊液白细胞内见有革兰阴性、凹面相对的双球菌，可初步报告为脑膜炎奈瑟菌引起的流脑；见有抗酸染色阳性杆菌，可提示为结核性脑膜炎。除此之外，病原体分离培养阳性，可报告为由该病原体等引起的脑膜炎或脑炎。