标本采集后立即测定或贮存于冰箱冰冻，不超过1周。CSF中5-HIAA含量在儿童时随年龄增长而降低，随后又升高；有昼夜节律性变化，夜间高；女性高；避免各种可能有影响的药物。

忧郁型精神病、肌阵挛、Down综合征、微小脑功能障碍、苯酮尿症所致的精神发育迟滞患者CSF中5-HIAA含量也减少，癫痫5-HT与5-HIAA含量均下降；颅部外伤，化脓性脑膜炎、蛛网膜下腔出血等患者CSF、中5-HIAA浓度增高，脑出血等5-HT升高。