人体在感染细菌、病毒后，受到刺激的机体都会产生一种相应的抗体，以对抗特定的细菌或病毒，而酶免检测所检测的对象正是抗体。但是抗体的产生与病毒进入人体之间是有时间间隔的，并非人体接触病毒的同时就会产生抗体，这也意味着在此期间，如果采用酶免检测，会因检测不到抗体，从而认定血液中并不存在特定的病毒，而这一时期也就是所谓的“窗口期”。
不同病毒“窗口期”的长短也不尽相同，孙莉介绍，艾滋病毒“窗口期”平均为22天，而乙肝病毒与甲肝病毒“窗口期”可分别达到45天与70天。
在无法消除“窗口期”的情况下，只能通过革新检测技术不断缩短“窗口期”。毛群安在1月12日召开的新闻发布会上也表示，按照全国卫生计生工作会议上的工作安排，2015年年内要基本实现全国范围内血站核酸检测覆盖。
核酸检测不同于酶免检测之处，在于检测标志物的变化，核酸检测的检测对象为病毒的遗传物质。以艾滋病毒为例，它是RNA病毒，遗传物质为RNA，在进入人体后，艾滋病毒会以不断复制的方式进行繁殖，而从人体感染艾滋病毒，到核酸检测可以检测到病毒的RNA，同样要经历一段时间，这也就形成了核酸检测的“窗口期”。只不过相比于酶免检测，“窗口期”的时间被缩短了，在使用核酸检测后，对艾滋病毒的检出可以提前到11天左右。
其实在2010年3月，卫生部便下发了《2010年血站核酸检测试点工作实施方案（试行）》文件，包括北京、上海、广州、山东在内12个省市的省级血液中心，以及3家中心血站，共15所采供血机构被列入国内首批血液筛查核酸检测试点单位。而北京市则是从2013年7月1日开始，北京红十字血液中心以外的3家区县血站也实现了核酸检测。
孙莉表示，虽然没有统计过具体的数据，但自采用核酸检测后，检测到的不合格的血液确实增多了。
而在加入核酸检测的同时，原来的检测方法得到了保留，孙莉向记者介绍，两种检测方法所针对的标志物不同，因此只是根据不同阶段检测不同的标志物，并非“非此即彼”的关系。
