(1)盆腔解剖结构异常：重大内异症可导致病灶盆腔局部解剖结构异常，如卵巢、输卵管周围广泛粘连，导致输卵管梗阻或扭曲，使输卵管蠕动异常，影响排卵和对受精卵的运输功能;
(2)盆腹腔内微环境改变：内异症患者腹腔液中有异常物质可导致不孕;
(3)免疫功能异常：异位的内膜被体内免疫系统识别为“异物”，激活体内免疫系统，产生抗原抗体反应，激活补体系统。细胞因子增多。多种细胞因子和补体系统造成的损伤导致不孕;
(4)卵巢功能异常：异位症患者的排卵障碍发病率为17% ～27% ，可能与腹腔液中pgs升高而影响卵泡发育和排卵有关：即使有排卵，患者卵泡和黄体上的lh受体减少，导致黄体分泌不足，黄体形成不足而影响受孕;
(5)自然流产率增加：异位症患者妊娠，约40%发生自然流产，而正常妊娠者流产率只为15%。流产的发生与升高的pg刺激子宫收缩及干扰受精卵着床有关。
