生殖器疱疹的病原体是单纯疱疹病毒(HSV)，是双链DNA病毒，属于人类疱疹病毒亚科。单纯疱疹病毒分为两型即HSV-1和HSV-2。人类是HSV的唯一宿主，HSV离开人体则不能生存。
HSV对热和干燥比较敏感，在50℃湿热环境下或90℃干燥环境下30分钟即可灭活，一般消毒剂、紫外线、乙醚、乙醇、氯仿等均可使之灭活。HSV-1主要通过呼吸道、皮肤和黏膜密切接触传染，引起口唇、咽、眼及皮肤感染，约10%亦可引起生殖器感染;HSV-2是生殖器疱疹的主要病原体(90%)，主要通过性交传染，存在于皮肤和黏膜损害的渗出液、精液、前列腺分泌液中，引起原发性生殖器疱疹。
由于HSV具有嗜感染神经而形成潜伏感染状态的特性，因此原发性生殖器疱疹消退后、残存的病毒经周围神经逆行沿神经轴索可长期潜存于骨氐神经节，进入潜伏感染状态。当机体抵抗力降低或某些激发因素如受凉、发热、感染、创伤、月经、劳累等因素作用下，可使体内潜伏的病毒激活而复发。
