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应与疖、肛瘘和肉芽肿鉴别。疖生长在皮肤,由皮肤突出,顶部呈黄色。痈有多个外孔,内有坏死组织。肛瘘的外口距肛门近,瘘管行向肛门,扪诊有索状物,肛管内有内口,有肛门直肠脓中病史。而藏毛窦的走行方向,多向颅侧,很少向下。