其中，甲类传染病无发病、死亡报告;乙类传染病中传染性非典型肺炎、脊髓灰质炎、人感染高致病性禽流感和白喉无发病、死亡报告，其余22种传染病共报告发病283312例，死亡1743人。报告发病数居前5位病种依次为病毒性肝炎、肺结核、梅毒、淋病、细菌性和阿米巴性痢疾，占乙类传染病报告发病总数的94%。
自2013年11月1日起，人感染H7N9禽流感纳入法定乙类传染病进行管理。12月报告发病5例，无死亡报告。
同期，全国共报告丙类传染病发病265921例，死亡21人。报告发病数居前3位的病种依次为其它感染性腹泻病、手足口病和流行性感冒，占丙类传染病报告病例总数的92%。
