1、非淋菌性尿道炎潜伏期为10-20天。
2、起病不如淋病急，症状拖延，时轻时重，但比淋病轻。约50%的病人有尿痛、尿道痒等症状。初诊时很易被漏诊。男性非淋菌性尿道炎表现为尿道不适、发痒、烧灼感或刺疼，尿道红肿，尿道分泌物多为浆液状、稀薄、晨起有“糊口”现象。
3、尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜脓性。较长时间不排尿(如晨起)尿道外口可溢出少量稀薄分泌物。有时仅表现为晨起痂膜封住尿道口或污染内裤。检查时，需由后向前按挤前尿道才可能有少许分泌物由尿道口溢出。有时病人有症状无分泌物，也可无症状而有分泌物。
4、常与淋病同时感染。前者先出现淋病症状，经抗淋病治疗后，淋球菌被青霉素杀死，而衣原体、支原体依然存在。在感染1-3周后发病。临床上很易被误认为淋病未治愈或复发。
5、处理不当或治疗不及时可引起并发症(1%)。如急性附睾炎、前列腺炎、结肠炎、咽炎。
6、新生儿通过感染的产道、生后3-13d可发生眼结膜炎，眼部有粘液脓性分泌物，也可无分泌物。但多不侵犯角膜。下生后2-3周可发生肺炎。症状不断加重，呼吸急促为其特点，但不发热。其中半数患儿有眼结膜炎。
7、极少数病人可伴发Reifer综合征：尿道炎、关节炎、角膜炎、结合膜炎及皮疹。
(二)诊断
1、1-3周内有不洁性交史，或配偶有感染史。不洁性交史、潜伏期及症状。
2、尿道分泌物涂片及培养排除淋球菌、念珠菌及其他细菌感染。涂片有大量白细胞，10-15个以上/400倍，5个以上/1000倍显微镜检。
3、尿道分泌物或宫颈刮片，单克隆衣原体荧光抗体检查或培养。标本取法：男性2h以上不排尿，棉拭子插入尿道2-4cm，轻轻旋转5s，放置2-3s，然后取出培养。
